הקיבוץ הוקם בי”א באב תשי”א (1951) כישוב ספר בודד באזור, כחלק ממערך הגנה מרחבית אל מול קו הגבול הירדני שהיה מרוחק כ-2 ק”מ באזור לטרון. מייסדיו של הקיבוץ היו חיילים מגרעין הנח”ל “שלהבת” של תנועת הנוער “עזרא” אשר אליהם הצטרפו עולים חדשים ממערב אירופה.
התאגדות הקבוצה נועדה לכונן יישוב חקלאי שיתופי ברוח התורה והמצוות וליישב את הארץ על פי ההלכה. כך לדוגמא, אחד הדגלים החשובים של הקיבוץ מראשיתו ועד היום היא ההקפדה על שמירת השמיטה ללא הזדקקות להיתר המכירה. הקיבוץ עמד במשך השנים בקשר עם גדולי הרבנים כגון החזון איש והרב שלמה זלמן אוירבך, כדי לא להזדקק למכירת הקרקעות, ולספק את היבול של השביעית במסגרת אוצר בית דין.
שטחי החקלאות של עמק איילון שבתווך בין בתי הקיבוץ ללטרון, הוגדרו בהסכמי שביתת הנשק שלאחר קום המדינה, כשטחי הפקר שוממים בין הגבולות. בין השנים 1951-1967 היו שטחים אלו בעיקר אזור סכנה בו מסתננים ניסו לחדור לגבול ישראל. לקראת תום התקופה חל כרסום בהסכמי שביתת הנשק והצד הירדני שאף לספח אליו גם על שטחים אלו באמצעות השתלטות חקלאית. בחודש חשון תשכ”ח (1965) שהייתה שנת שמיטה התנהלה המלחמה העיקרית על שטחים אלו, כאשר ריכוזי טרקטורים ירדנים וטרקטורים ישראלים ניצבו זה מול זה במשך מספר ימים, בנסיון לבסס את בעלותם על השטח. כוונת הירדנים הייתה להפעיל את הטרקטורים בשבת ולנצל את הזמן בו היהודים לא יוכלו לחרוש על מנת לקבוע עובדות. רבה של שעלבים דאז הרב מאיר שלזינגר נועץ עם גדולי התורה ופסק כי על חברי הקיבוץ לצאת ולחרוש בשבת פרשת נח של שנת שמיטה זו על אף האיסור ההלכתי לחרוש בשבת ולעבד האדמה בשנת שמיטה. בשבת זו בתום קרב יריות בין הצדדים חזר השקט לשטחי ההפקר והאירוע נקרא היסטורית כ”מלחמת הטרקטורים”.כיבוש האזור במסגרת “מבצע דני” במלחמת ששת הימים (1967) שחרר את הקיבוץ מהאיום הירדני, כאשר בתום המלחמה נמצאו מסמכי פקודה ירדנים הקוראים לכבוש את הקיבוץ ולהרוג את כל הנמצאים בו. בעקבות פרסום הידיעה, הייתה תחושה של נס גדול בקיבוץ ועד היום נוהגים בני המקום לציין את יום ירושלים גם כיום שעלבים ובו מזכירים את ההצלה.אל”מ צבי כספי, מפקד אזור שעלבים דאז תיאר בשנת 2013 בתכנית רדיו בערוץ 7, את הקרבות סביב שעלבים בתקופת 1967 ושחרור אזור עמק איילון (בדרך לירושלים) לרגל יום שעלבים-יום ירושלים וניתן להתרשם מעדותו בקישור כאן.למידע נוסף אודות תקופת ההקמה ניתן לקרוא בחוברת אודות שעלבים וסביבותיה שפורסמה בשנת 1968, בעריכת ד”ר זאב וילנאי.