נחל שעלבים הנו נחל אכזב המתעורר לחיים בכל חורף. מים הנקווים מכל אזור מודיעין ושעלבים עוברים דרך שטחי הקיבוץ דרך כביש שעלבים- משמר איילון בדרכם אל נחל איילון. עם סלילתם של כביש 1 וכביש 431, שכונת בוכמן במודיעין ובניה בכל האזור נמנעים חלחול ותנועה של המים בערוצים אחרים וכתוצאה מכך גוברת הזרימה בנחל.
על פי זקני הקיבוץ, במפת האזור משנת 1880 נקרא הנחל בשם "ואדי שויקה" ושמו שונה לאחר קום המדינה והקמת הקיבוץ. אגן הניקוז של הנחל כולל את כל האזור שבין נחל ענבה בצפון לעמק איילון ממזרח ומדרום בשטח של כ-20 קמ"ר והוא נשפך לואדי סלמאן הלא הוא נחל איילון, בנקודה בה נחל איילון חוצה את כביש משמר איילון- שעלבים קצת מערבה לגשר.
מרבית כבישי הקיבוץ אינם כוללים בריכות ניקוז כפי שמקובל בערים וזרימת המים מוטה באופן מכוון לערוצי הנחל הטבעיים, דרך שדות הקיבוץ.
בימי גשם חזק ניתן לראות זרימה חזקה בפאתי הקיבוץ וכתוצאה מכך אף נחסם כביש הכניסה לקיבוץ מכיוון משמר איילון.