מערכת החינוך בשעלבים נרחבת וענפה, כוללת מגון מסגרות מגיל 0 לתינוקות ופעוטות, דרך גני ילדים, ממ"ד יסודי לבנים וממ"ד יסודי לבנות, תלמוד תורה יסודי לבנים, אולפנא לבנות, ישיבה לבנים ובהמשך ישיבת הסדר, מדרשה ולימודים גבוהים. מערכת זו משרתת את תושבי הקיבוץ וכלל תושבי המועצה כמערכת חינוך על אזורית.
גלאי 0-3 מעון בניהול רשת רשב"י – לפרטים והרשמה . נחמי 052-7619668
ביישוב שלושה גנים
גן לילך (ט.ט חובה) – כרגע בניהול היישוב. הרשמה ותרבות דרך המועצה
גן רקפת וגן חצב – גנים משולבים ט.חובה – חובה – בניהול מלא של המועצה
הרשמה לגנים בכתובת : http://www.gezer-region.muni.il/page_38680?bsp=33898
שלהבת בנים – יסודי לכיתות א' – ו' מונה 338 תלמידים (לאתר בית הספר)
שלהבת בנות – יסודי לכיתות א – ו מונה 381 תלמידות (לאתר בית הספר)
תלמוד תורה דביר – לכיתות א' – ח' מונה 192 תלמידים (לאתר בית הספר)
אולפנת שלהבת – תיכון לבנות מונה 542 תלמידות (לאתר האולפנא)
ישיבה תיכונית – תיכון לבנים מונה 496 תלמידים (לאתר הישיבה)